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rsruby et snow leopard


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8 replies to this topic

#1 PatPat

PatPat

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Posté 24 janvier 2010 - 16:36

Quelqu'un utilise rsruby ?

J'ai fait la mise à jour leopard -> snow leopard

j'ai tout reinstallé (xcode, les gems de ruby, R)
Tout semble marcher, toutes les gems se sont reinstallées SAUF rsruby, qui refuse de trouver R.h

R est installé et marche, logr (gem de ruby pour R) s'est installée donc le problème est rsruby

Je n'arrive pas à trouver sur google des solutions qui fonctionnent chez moi, je ne veux pas reinstaller ruby mais garder la version qui vient avec le système
Car ça doit marcher, une installation neuve de tout ceci sur un mac snow leopard (lui aussi mis à jour, mais avait pas Xcode and co avant) fonctionne. Donc il garde en mémoire quelque chose de mon installation de leopard qu'il n'arrive pas à oublier.

Quelqu'un a une idée de ce que je pourrais faire ? merci
p

#2 odr

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Posté 24 janvier 2010 - 18:20

Hello

Essaye de chopper un log pour voir exactement ce qui manque. C'est peut être un problème de chemin incorrect ou quelque chose dans le genre.
Il vaut mieux prendre chaud en mangeant que froid en travaillant - Sagesse lyonnaise

#3 PatPat

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Posté 25 janvier 2010 - 17:05

Hello

Essaye de chopper un log pour voir exactement ce qui manque. C'est peut être un problème de chemin incorrect ou quelque chose dans le genre.


Je comprends pas: voilà ce qu'il me dit quand j'essaye d'installer. R.h se trouve dans $R_HOME/include , j'ai verifié
et pourquoi il me dit ${R_dir} comme si il ne lit pas R_HOME?
j'ai installé comme ça sur un snow leopard où cela n'avait pas été installé avant. Sur patbook, tout marchait avec leopard.

patbook:~ prt$ export R_HOME=/Library/Frameworks/R.framework/Resources
patbook:~ prt$ sudo gem install rsruby
Building native extensions. This could take a while...
ERROR: Error installing rsruby:
ERROR: Failed to build gem native extension.

/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/1.8/usr/bin/ruby extconf.rb
checking for main() in -lR... yes
checking for R.h... no

ERROR: Cannot find the R header, aborting.
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of
necessary libraries and/or headers. Check the mkmf.log file for more
details. You may need configuration options.

Provided configuration options:
--with-opt-dir
--without-opt-dir
--with-opt-include
--without-opt-include=${opt-dir}/include
--with-opt-lib
--without-opt-lib=${opt-dir}/lib
--with-make-prog
--without-make-prog
--srcdir=.
--curdir
--ruby=/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/1.8/usr/bin/ruby
--with-R-dir
--without-R-dir
--with-R-include
--without-R-include=${R-dir}/include
--with-R-lib
--without-R-lib=${R-dir}/lib
--with-Rlib
--without-Rlib


Gem files will remain installed in /Library/Ruby/Gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1 for inspection.
Results logged to /Library/Ruby/Gems/1.8/gems/rsruby-0.5.1.1/ext/gem_make.out

#4 odr

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    Maniaque du clavier

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Posté 25 janvier 2010 - 22:14

T'as essayé en rajoutant R_HOME/include a R_HOME histoire de ?
Si tu peux essaye de modifier le script en mettant une trace pour voire ce qu'il a dans les variables d'environnement et en meme temps trouver quelles variables il utilise (et donc dans quels dossiers il va chercher)
Il vaut mieux prendre chaud en mangeant que froid en travaillant - Sagesse lyonnaise

#5 PatPat

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Posté 25 janvier 2010 - 23:11

T'as essayé en rajoutant R_HOME/include a R_HOME histoire de ?
Si tu peux essaye de modifier le script en mettant une trace pour voire ce qu'il a dans les variables d'environnement et en meme temps trouver quelles variables il utilise (et donc dans quels dossiers il va chercher)


oui j'ai essayé tout ça. J'ai vu que le problème était que dans la ligne gcc etc il n'y avait pas le path pour R. Et que y a pb là . Mais je suis incapable de comprendre où modifier car je n'arrive pas à relancer à la main, il ramène tout à chaque fois (donc mes modifs ...)
Dans le README , il y a une ligne disant qu'à la place de la gem, on peut ramener un package et compiler à la main. Je l'ai fait. C'est une version 5.0 au lieu de 5.1.1 que j'ai ramené.
Test (là si je peux modifier et vérifier :), autre problème, et là me vient l'idée de regarder l'historique des modifs ! et hop, pour marcher avec R2.10, il fallait enlever un #include à 5.0 ... ET ça marche! en compilant tout à la main , ça marche! :yahoo:
ouf ! :ouch:

merci
p.

Ce message a été modifié par PatPat - 26 janvier 2010 - 10:46 .


#6 AliGator

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Posté 26 janvier 2010 - 02:30

:ouch:

Tu peux le dire !

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#7 briseis

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Posté 17 janvier 2011 - 16:43

Bonjour à tous,

... ET ça marche! en compilant tout à la main , ça marche! :yahoo:
ouf ! :ouch:

merci
p.


De mon coté, je n'arrive toujours pas à faire marcher rsruby.
Je suis sous snow leopard. Cela fait 4 ans que j'utilise rsruby sous mac et sous linux.
Puis j'ai upgrader rails à la version 3 et la je suis coincé sous mac et sous linux :
J'arrive bien à installer la gem:

gem install rsruby -- --with-R-dir=$R_HOME

la gem marche très bien sous ruby, avec irb.
Par contre, dés que je l'utilise avec rails (en mode console ou mode server), j'ai une erreur :

Error: C stack usage is too close to the limit

Et je n'arrive pas à résoudre ce problème.

Est ce que quelqu'un a réussit à utiliser rsruby, version 0.5.1.1 avec rails 3 (sous mac os ou autre) ?

Merci

#8 PatPat

PatPat

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Posté 18 janvier 2011 - 23:29

Je crois que ce message vient de R plus que de ruby. J ai regardé un peu avec google et c'est ce qui semble. Que fait le programme ?

Pas facile de chercher avec google maintenant qu'ils ont enlevé le chercher dans les résultats .. :(

Je demande aussi au collègue qui vient d'installer sur un nouveau mac .. Il aura forcément les dernières versins

Bonjour à tous,



De mon coté, je n'arrive toujours pas à faire marcher rsruby.
Je suis sous snow leopard. Cela fait 4 ans que j'utilise rsruby sous mac et sous linux.
Puis j'ai upgrader rails à la version 3 et la je suis coincé sous mac et sous linux :
J'arrive bien à installer la gem:

gem install rsruby -- --with-R-dir=$R_HOME

la gem marche très bien sous ruby, avec irb.
Par contre, dés que je l'utilise avec rails (en mode console ou mode server), j'ai une erreur :

Error: C stack usage is too close to the limit

Et je n'arrive pas à résoudre ce problème.

Est ce que quelqu'un a réussit à utiliser rsruby, version 0.5.1.1 avec rails 3 (sous mac os ou autre) ?

Merci


Ce message a été modifié par PatPat - 18 janvier 2011 - 23:31 .


#9 briseis

briseis

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Posté 19 janvier 2011 - 00:32

Je crois que ce message vient de R plus que de ruby. J ai regardé un peu avec google et c'est ce qui semble. Que fait le programme ?

Pas facile de chercher avec google maintenant qu'ils ont enlevé le chercher dans les résultats .. :(

Je demande aussi au collègue qui vient d'installer sur un nouveau mac .. Il aura forcément les dernières versins


Bonjour et merci pour la réponse.
En fait j'ai l'impression que c'est un problème de Rails 3 et de R dans la gestion de la pile mémoire du C ...
Cependant la seule chose que je peut modifier, c'est RsRuby.

J'ai réussit à contourner le problème en remplacant dans le fichier ext/rsruby.c, dans la fonction init_R l'appel de Rf_initEmbeddedR par Rf_initialize_R puis la "déactivation du controle de la pile par R_CStakLimit = -1
et l'appel de la boucle R : setup_Rmainloop :

void init_R(int argc, char **argv){

char *defaultArgv[] = {"rsruby","-q","--vanilla"};

// Rf_initEmbeddedR(sizeof(defaultArgv) / sizeof(defaultArgv[0]), defaultArgv);
Rf_initialize_R(sizeof(defaultArgv) / sizeof(defaultArgv[0]), defaultArgv);
R_CStackLimit = -1;
setup_Rmainloop();

R_Interactive = FALSE; //Remove crash menu (and other interactive R features)
}

Il faut bien sur déclarer en amont (dans ext/rsruby.h par exemple) les fonctions et variables :

#include "Rinterface.h"
extern uintptr_t R_CStackLimit; /* C stack limit */

Avec ces corrections , cela marche maintenant pour moi, mais c'est un "pis aller". Je pense que le problème est plutot dans rails 3 et R.

Brisesi




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